Od momentu powstania system Nutri-Score budzi kontrowersje. Im dłużej funkcjonuje, tym więcej głosów oburzenia można usłyszeć od ekspertów ds. żywienia, towarzystw naukowych, organizacji zrzeszających producentów lokalnej żywności, a także pacjentów. Pomimo negatywnej opinii dużej części środowiska naukowego, system bez przeszkód wprowadzany jest na polski rynek przez największe sieci handlowe oraz międzynarodowe koncerny spożywcze. W odpowiedzi na te działania powstała petycja, skierowana do Prezesa Urzędu Ochrony Konkurencji i Konsumentów, z wnioskiem o sprawdzenie czy system nie wprowadza konsumentów w błąd.